В 1912 г., был избран в забастовочный комитет. В 1914 г., во время Ленского расстрела рабочих был дважды ранен. Первая телеграмма, с приисков сообщающая миру о расстреле рабочих, была отправлена Михаилом Лебедевым. Спасаясь от преследования, полиции в этом же году был вынужден покинуть территорию Российской Империи. Служил матросом на торговых судах, перевозил запрещенную марксистскую литературу.
После февральской революции вернулся в Россию. С апреля 1917 года, по май 1918 года в должности командира, а затем комиссара воевал на Украине с гайдамаками и немецкими оккупантами. Был ранен, затем эвакуирован на родину в Романов-Борисоглебск. Активный участник подавления Ярославского антисоветского мятежа.

С июля 1918 года по декабрь 1918 года – заведующий Ярославским губернским отделом юстиции. С декабря 1918 года по декабрь 1919 года – председатель Ярославской губернской ЧК.
С декабря 1919 г, по сентябрь 1920 г., председатель Курской губЧК.
С октября 1920 г., по февраль 1921 г., полномочный представитель ВЧК в Киргизской республике.
Одновременно являлся председателем Оренбургско-Тугайческой губЧК.
В марте – декабре 1921 г., заместитель а затем председатель Горской ЧК.
В феврале – сентябре 1922 г., начальник ОО ПП ОГПУ по Крыму. Исполнял обязанности начальника Особого пограничного отряда в Севастополе, коменданта Сочинского пограничного участка.
Делегат 3-й и 4-й Всероссийских конференций чрезвычайных комиссий.
С 1929 г., после уволения из органов ОГПУ по состоянию здоровья, находился на партийной и советской работе.
М. И. Лебедев был награжден орденом Ленина, орденом Трудового Красного Знамени, знаком «10 лет ОГПУ».

Умер в Москве в 1971 году.